การเรียนการสอนเกี่ยวกับโบราณคดี เป็นส่วนหนึ่งของคณะโบราณคดีมาตังแต่การก่อตังเมื่อ พ.ศ. 2498 จนกระทัง พ.ศ. 2517 มีการปรับปรุงการบริหารงาน จึงได้จัดตัง "ภาควิชาโบราณคดี" อย่างเป็นทางการ จากทังหมด 5 ภาควิชา ซึ่งเป็นภาควิชาแห่งเดียว
ในประเทศไทย โดยยึดมันในปรัชญาที่ว่า “โบราณคดีส่งเสริมความมันคงของวัฒนธรรมมนุษยชาติ”

สาขาวิชาโบราณคดีเป็นสาขาวิชาที่เน้นศึกษาเรื่องราวของมนุษย์ในอดีตโดยศึกษาจากหลักฐานทางโบราณคดีทังที่เป็น
โบราณวัตถุและโบราณสถาน เพื่อให้เกิดความเข้าใจเรื่องราวของชุมชน ประชากร และวัฒนธรรมที่เป็นเจ้าของ โบราณวัตถุและโบราณสถานเหล่านัน การเรียนการสอนแบ่งออกเป็น 2 สาขา คือ โบราณคดีสมัยก่อนประวัติศาสตร์หมายถึง
สมัยอดีตช่วงก่อนที่จะมีการจดบันทึกเป็นลายลักษณ์อักษร และโบราณคดีสมัยประวัติศาสตร์ หมายถึงสมัยอดีต ช่วงทีมีการจดบันทึกเป็นลายลักษณ์อักษรแล้ว 

ยุคแรกก่อตังภาควิชาโบราณคดี (พ.ศ.2517 – 2527) 

การเรียนการสอนในสมัยแรกเริ่มจนกระทังมีการปรับปรุงการบริหารงาน ภาควิชาเน้นการผลิตบุคลากรด้าน โบราณคดีสอดคล้องกับวัตถุประสงค์ของคณะ ส่งผลให้มีการเรียนการสอนที่เน้นทังทฤษฎี และการปฏิบัติงานภาคสนามทาง โบราณคดี ในระยะนี้มีการส ารวจและขุดค้นทางโบราณคดีที่ส าคัญ คือ แหล่งโบราณคดีบ้านคูเมือง จังหวัดสิงห์บุรี เมืองโบราณ คูบัว จังหวัดราชบุรี และแหล่งโบราณคดีในพื้นทีต าบลบ้านเก่า จังหวัดกาญจนบุรี และในช่วงเวลานี้ ภาควิชาโบราณคดีได้ จัดการเรียนการสอนหลักสูตรปริญญาโทขึนทังในสาขาโบราณคดีสมัยก่อนประวัติศาสตร์ และโบราณคดีสมัยประวัติศาสตร์ อีกด้วย 

ยุคที่สองของภาควิชาโบราณคดี (พ.ศ. 2528 – 2538)

        การเรียนการสอนด้านโบราณคดีมีความเข้มข้นมากขึนเนื่องจาก มีบุคลากรจบการศึกษาออกไปหลายรุ่นทังระดับ ปริญญาตรีและมหาบัณฑิตในระดับปริญญาโทซึ่งส่วนใหญ่เป็นบุคลากรในกรมศิลปากร ส่งผลให้งานโบราณคดีในสมัยนี้มี ความก้าวหน้า เกิดการส ารวจและขุดค้นทางโบราณคดีโดยกรมศิลปากรจ านวนมาก ส่งผลให้มีข้อมูลหลักฐานประกอบการ เรียนการสอนเพิ่มมากยิ่งขึน มีการส ารวจและขุดค้นทางโบราณคดีทีส าคัญ เช่น เมืองฟ้าแดดสงยาง จังหวัดกาฬสินธุ์ แหล่ง โบราณคดีถ ้าซาไก จังหวัดตรัง แหล่งโบราณคดีถ ้าหมอเขียว จังหวัดกระบี่ การศึกษากลุ่มชาติพันธุตองเหลือง

ยุคที่สามของภาควิชาโบราณคดี (พ.ศ. 2539 – 2549)

        ในยุคนี้ มีการน าเครื่องมือทางวิทยาศาสตร์ใหม่ๆ เข้ามาประยุกต์ใช้ในการวิเคราะห์ และแปลความเรื่องราวทาง วัฒนธรรมของมนุษย์ ส่งผลให้งานวิจัยมีความก้าวหน้า และเห็นภาพเรื่องราวสังคมวัฒนธรรมในอดีตชัดเจนยิ่งขึน อีกทังยัง เปิดหลักสูตรปริญญาเอก งานส ารวจและขุดค้นทางโบราณคดีที่ส าคัญ เช่น แหล่งโบราณคดีบ้านโป่ งมะนาว แหล่ง โบราณคดีบ้านพรหมทินใต้ และเมืองโบราณซับจ าปา จังหวัดลพบุรี แหล่งโบราณคดีเพิงผาบ้านไร่และเพิงผาถ้ำลอด จังหวัด
แม่ฮ่องสอน แหล่งโบราณคดีเขาสามแก้ว จังหวัดชุมพร  

ภาควิชาโบราณคดีใน พ.ศ. 2550 –ปัจจุบัน 

        ภาควิชาโบราณคดีได้มีการเซ็นสัญญาความร่วมมือกับหลายหน่วยงาน ส่งผลให้เกิดการบูรณาการทางด้าน โบราณคดีกับองค์กรต่างๆ และมีงานวิจัยทางโบราณคดีที่น่าสนใจ อาทิ เมืองขีดขิน จังหวัดสระบุรี เมืองนครปฐมโบราณ (แหล่งโบราณคดีธรรมศาลา และแหล่งโบราณคดีหอเอก จังหวัดนครปฐม) โบราณคดีกรุงเทพมหานคร เมืองโบราณอู่ทอง จังหวัด สุพรรณบุรี
 นอกจากนี้ ผลการศึกษาวิจัยของภาควิชาแต่ละยุคสมัย ได้น ามาต่อยอด ผลิตเป็นเอกสารวิชาการและเผยแพร่ผ่าน การประชุมวิชาการอย่างต่อเนื่อง เกิดองค์ความรู้เพิ่มขึ้นมากมาย โดยความรู้ต่างๆ เหล่านี้ ไม่เพียงเกิดประโยชน์ต่อ บุคลากรในแวดวงโบราณคดีเท่านัน แต่ยังสร้างความรูความเข้าใจในงานโบราณคดีและศิลปวัฒนธรรมแก่บุคคลทัวไป ซึ่ง การท างานวิชาการควบคู่ไปกับงานบริการสังคมนี้ ถือเป็นอีกหนึ่งในงานหลักของภาควิชาโบราณคดีทียังคงมุ่งมันพัฒนาสืบ ต่อไป