ศาสตราจารย์ชิน อยู่ดี ถึงแก่กรรมเมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2529 ด้วยวัย 74 ปี

หนังสือ สมัยก่อนประวัติศาสตร์ในประเทศไทย ของ ศ. ชิน อยู่ดี กรมศิลปากร จัดพิมพ์เป็นครั้งที่ 2 เนื่องในโอกาสเชิดชูเกียรติในฐานะปรมาจารย์แห่งวิชาก่อนประวัติศาสตร์ในประเทศไทย เมื่อ พ.ศ. 2529