โครงการขุดค้นบ้านโป่งมะนาว ของ รศ. สุรพล นาถะพินธุ มีที่มาเริ่มต้นในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2543 อาจารย์และนักศึกษาภาควิชาโบราณคดี คณะโบราณคดี ได้ร่วมมือกับชมรมอนุรักษ์แหล่งโบราณคดีและทรัพยากรธรรมชาติ ต.ห้วยขุนราม อ.พัฒนานิคม จ.ลพบุรี ราษฎรบ้านโป่งมะนาว และคณะกรรมการบ้านโป่งมะนาว ดำเนินการขุดตกแต่งหลุมจัดแสดงโครงกระดูกมนุษย์ก่อนประวัติศาสตร์บ้านโป่งมะนาว ที่ทางชุมชนได้ดำเนินการไว้ รวมทั้งปรับปรุงการจัดแสดงโบราณวัตถุที่พิพิธภัณฑ์ชุมชนบ้านโป่งมะนาว
ต่อมาใน พ.ศ. 2544 ทางท้องถิ่นได้จัดทำโครงการขุดค้นทางโบราณคดีเพื่ออนุรักษ์และพัฒนาแหล่งโบราณคดีบ้านโป่งมะนาว โดยมี อาจารย์สุรพลและนักศึกษาคณะโบราณคดี มหาวิทยาลัยศิลปากรเป็นผู้ดำเนินการขุดค้นร่วมกับนักโบราณคดีจากสำนักงานโบราณคดีและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติที่ 3 จังหวัดพระนครศรีอยุธยาและชาวบ้านโป่งมะนาว ร่วมกันขุดค้นระหว่างวันที่ 8 – 31 ตุลาคม 2544 และดำเนินการต่อเนื่องมาจนถึงปี 2547