คณะโบราณคดีมีการปรับปรุงหลักสูตรที่ใช้ในการเรียนการสอนครั้งใหญ่ เช่น การปรับลดบางวิชาลงจากวิชาบังคับเป็นวิชาเลือก ภาควิชาภาษาตะวันออกปิดหลักสูตรปริญญาตรี สาขาวิชาภาษาตะวันออก อย่างเป็นทางการ การปรับปรุงหลักสูตรปริญญาโทจารึกศึกษา เป็นต้น ซึ่งการปรับปรุงดังกล่าวได้เริ่มมาตั้งแต่ช่วงปีพ.ศ. 2551 แล้ว เช่นการปิดหลักสูตรวิชาโทมัคคุเทศก์ หรือการปิดหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาภาษาฝรั่งเศสเพื่อการท่องเที่ยวเชิงวัฒนธรรม ภาควิชาภาษาฝรั่งเศส ที่เคยเปิด ในช่วงปี พ.ศ. 2549 - 2550