เริ่มต้นที่โรงเรียนศิลปศึกษา
ก่อนการเปิดสอนคณะโบราณคดีอย่างเป็นทางการ มหาวิทยาลัยศิลปากรได้เปิดสอนแผนกเตรียมโบราณคดีขึ้นในโรงเรียนศิลปศึกษาเมื่อ พ.ศ. 2496 แรงผลักดันหนึ่งมาจากในขณะนั้นกรมศิลปากรขาดบุคลากรที่มีความรู้ความสามารถทางโบราณคดี การขุดแต่งบูรณะโบราณสถาน รวมถึงการจัดแสดงในพิพิธภัณฑสถาน เนื่องจากบุคคลากรส่วนใหญ่ที่เข้ามารับราชการในกรมศิลปากรไม่มีความรู้ด้านโบราณคดีมาก่อน หลวงรณสิทธิพิชัย อธิการบดี มหาวิทยาลัยศิลปากร รวมถึงมานิต วัลลิโภดม ตำแหน่งหัวหน้ากองโบราณคดี ในเวลานั้น จึงได้ร่วมกันพิจารณาเรื่องการเปิดแผนกโบราณคดีในโรงเรียนศิลปศึกษาขึ้น
การเรียนการสอนของแผนกเตรียมโบราณคดีในระยะแรกได้ใช้ห้องปฏิบัติงานศิลปะของมหาวิทยาลัยศิลปากร ด้านหลังกรมศิลปากร และกองหัตถศิลป กรมศิลปากรเป็นสถานที่ศึกษา เพราะต้องใช้ข้าราชการในกองหัตถศิลปเป็นอาจารย์สอน ถัดมาในปี พ.ศ. 2497 จึงได้ย้ายมาเรียนที่อาคารกระทรวงคมนาคมเดิม ในพื้นที่ของวังหน้า (บริเวณโรงละครแห่งชาติปัจจุบัน)
อาจารย์ที่สอนในแผนกเตรียมโบราณคดีส่วนหนึ่งใช้อาจารย์จากข้าราชการของกรมศิลปากร เช่น ศาสตราจารย์ หม่อมเจ้าสุภัทรดิศ
ดิศกุล, จิรา จันทรานนท์นัยวินิจ (อาจารย์จิรา จงกล), แสง มณวิฑูรย์ รวมถึงศาสตราจารย์ชิน อยู่ดี เป็นต้น
ตั้งคณะโบราณคดีสู่พื้นที่มหาวิทยาลัยศิลปากร
โดยมีจุดมุ่งหมายหลักให้เป็นคณะวิชาที่ผลิตข้าราชการด้านโบราณคดีของกรมศิลปากร หลักสูตรและการเรียนการสอนในระยะแรกนั้นจึงเน้นหนักไปในด้านการผลิตนักวิชาการสาขาโบราณคดีเป็นสำคัญ
โดยในระยะแรกสุดเป็นหลักสูตรอนุปริญญา ต่อมาจึงขยายการศึกษาถึงระดับปริญญาตรี และในปี พ.ศ. 2503 คณะโบราณคดีได้ย้ายจากโรงเรียนศิลปศึกษาเดิมมาทำการเรียนการสอนในมหาวิทยาลัยศิลปากร ตรงพื้นที่ที่เคยเป็นบริเวณของวังกลาง และวังตะวันออก โดยใช้อาคารร่วมกับคณะจิตรกรรมและประติมากรรม และคณะสถาปัตยกรรมไทย (ปัจจุบันเป็นอาคารของคณะจิตรกรรม ประติมากรรม และภาพพิมพ์)
ถึงตำหนักพรรณรายวังท่าพระ
พ.ศ. 2507 มหาวิทยาลัยศิลปากร ขยายพื้นที่การเรียนการสอนเพิ่มเติมจากบริเวณวังกลางและวังตะวันออก เข้ามาใช้พื้นที่บริเวณ “วังท่าพระ” เป็นสถานศึกษา คณะโบราณคดีจึงได้ย้ายมาทำการเรียนการสอนที่อาคาร 2 หลัง ของวังท่าพระ คือตำหนักพรรณราย และตำหนักใหญ่
อาจารย์ผู้สอนในช่วงแรกของคณะโบราณคดี มีฐานเป็นลูกจ้างของมหาวิทยาลัย หรือเป็นข้าราชการในกรมศิลปากร เช่น ชิน อยู่ดี ผู้สอนวิชาโบราณคดีสมัยก่อนประวัติศาสตร์ บังเอิญ มาประณีต, ปรีชา กาญจนาคม, พเยาว์ อัศวเดชา, ศรีศักด์ วัลลิโภดม, พันธุ์ทิพย์ ณ สงขลา, สุทธิลักษณ์ ไชยสุต และมนตรี อุมะวิชนี เป็นต้น คณาจารณ์เหล่านี้เป็นผู้บุกเบิกยุคเริ่มต้นของคณะโบราณคดี บางท่านได้ไปศึกษาต่อในสาขาเฉพาะทางและกลับมาเป็นอาจารย์ รวมถึงเป็นผู้วางรากฐานแนวทางพัฒนาไปเป็นสาขาภาควิชาต่างๆ
